Ngày 9 tháng 2 năm 1659, khi chỉ mới được 11 tuổi 5 tháng và 9 ngày, Mary kết hôn với Walter Scott xứ Highchester, bấy giờ được 14 tuổi tại Giáo xứ Wemyss.[25] Vì cuộc hôn nhân là bất hợp pháp nên đã có kiến nghị tách Mary và Anna khỏi mẹ cũng như vô hiệu cuộc hôn nhân của Mary. Ngày 19 tháng 2 năm 1659, Mary bị đưa đến Edinburgh và được đặt dưới sự giám hộ của Margaret Kenedy, Bá tước phu nhân xứ Cassillis. Khi bị thẩm vấn, Nữ Bá tước tuyên bố rằng bản thân tự nguyện kết hôn và cuộc hôn nhân đã hoàn hợp.[26] Ngày 26 tháng 2 năm 1659, mười bảy ngày từ khi kết hôn, Mary được phán quyết sẽ được bảo hộ bởi Đại tướng Monck và ở tại Lâu đài Dalkeith cho đến khi đủ 12 tuổi hoặc khi cuộc hôn nhân được tuyên bố hợp pháp và chỉ phải tránh xa chồng. Nhưng lệnh cách ly cũng không quá nghiêm ngặt vì Walter có thể đến thăm Mary. Trong bảy tháng tới, Mary và Walter vẫn tiếp tục trao đổi thư từ, trong đó thể hiện Mary rất yêu mến chồng.[27][28] Dù rằng trong thư từ, Mary gọi chồng là Bá tước xứ Buccleuch và Walter cũng dùng danh xưng này trong một số sự kiện, nhưng Quốc vương Charles II không thừa nhận danh phận này mà thay vào đó, Walter được phong làm Bá tước xứ Tarras (một tước hiệu không được truyền cho thế hệ sau) vào ngày 4 tháng 9 năm 1660.[1][29]

Ngày 31 tháng 8 năm 1659, Mary chính thức tròn 12 tuổi. Nhân cơ hội này, vào ngày 2 tháng 9, tại Leith, Mary và chồng tuyên bố phê chuẩn cuộc hôn nhân và ký kết vào sổ sách của tòa án, bao gồm cả sổ của ủy ban. Theo một nguồn tin, tại Leith, lễ cưới thứ hai giữa Mary và Walter được cử hành. Sau khi cuộc hôn nhân được phê chuẩn, Mary và chồng ở tại Lâu đài Wemyss.[30][31]